前回作ったScript
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これにより、目的のものはできたんですが素材nというレイヤーが10個ほどのファイルになって、クソ重いことに。
それぞれ差し込んだあとに微調整したいし・・・というわけで、素材レイヤーごとのaiファイルを作るScriptです。
（不要な素材レイヤーを削除する）

前提
・非表示にしてるのは素材nレイヤーのみ。
・素材nレイヤーはすべて非表示にする。

//元のファイルを開く
var fileObj = new File("ベースのファイル。フルパス");
var fRef = open(fileObj);
//ファイル名
var bFile = fRef.name;
// 現在のファイルの場所を取得
var mypath = fRef.path;
//n分ループ（ここでは10）
var i;
for (i = 0; i <= 10; i++) {
//レイヤーを取得
var layObj = activeDocument.layers;
//レイヤー数
var layNum = layObj.length;
try {
//素材ｎが存在する場合
var newLay = layObj.getByName("素材" + String(i));
newLay.visible = true;
// 現在のレイヤの名前を抽出し、ファイル名前に追記
var myname = newLay.name + bFile;
// フルパスを作成する
var newpath = mypath + "/" + myname;
//非表示レイヤーを削除（今のターゲット意外素材レイヤーを削除）
for (k = layNum - 1; k >= 0; k--) {
if (!layObj[k].visible) {
layObj[k].visible = true;   //表示
layObj[k].locked = false;　 //ロック解除
layObj[k].remove();         //レイヤー削除
}
}
//イラレを保存する際の構文的なものを書く（[https://namayakegadget.com/447/]）
aiOpt = new IllustratorSaveOptions();
saveFile = new File(newpath);
activeDocument.saveAs(saveFile, aiOpt);
//ファイルを閉じる（[http://dtp.screen-cre.co.jp/xml0015/]）
app.activeDocument.close(SaveOptions.DONOTSAVECHANGES);
//元のファイルを開く
fileObj = new File(mypath + "/" + bFile);
fRef = open(fileObj);
} catch (e) {
//存在しない場合（なにもしない）
}
}

おまけ　開いてるファイルすべてpng出力（前回の応用）

//開いてるファイルの数
var dqcount = app.documents.length;
var i = 0
for (i = 0; i < dqcount; i++) {
//アクティブファイルを設定
app.activeDocument = documents[i]
//ファイル名
var bFile = activeDocument.name;
// 現在のファイルの場所を取得
var mypath = activeDocument.path;
// pngの書き出しを設定する（デフォルト設定）[設定できる範囲や仕方など][https://namayakegadget.com/1589/]
var pngOpt = new ImageCaptureOptions();
// 解像度（150）[72.0-2400.0]
pngOpt.resolution = 200;
// アンチエイリアス（false）
pngOpt.antiAliasing = false;
// 透過設定（false）
pngOpt.transparency = false;
pngOpt.matte = false;
//aiをpngに入れ替えてファイル名生成
var newname = bFile.replace(/\.ai/g, ".png");
// 現在のファイルの場所を取得し、フルパスを作成する
var newpath = mypath + "/" + newname;
// 保存する範囲を指定するためにアートボードの大きさを取得
var rect = activeDocument.artboards[0].artboardRect;
// 書き出しを実行
saveFile = new File(newpath);
activeDocument.imageCapture(saveFile, rect, pngOpt);
}