のアクセス権がいつまで待っても更新されないので削除して作り直した。
というか許可を取り消して、再度許可しようと思ったら連携アプリのリストから消えてしまった(；´Д｀)
再度許可できなかったので削除した。
再度アプリを作ったらうまくDMを取得できた、という次第。

新しくまったく同じ名前でアプリを作った。ややこしくてスマヌ。
Access Token追加の前に、パーミッションを変更して、updateボタンをおした。

それからAccess Token追加して、twitterの設定の連帯アプリを見たら冒頭のようになっていた。
こりゃいけそうだわい、ということで

import json
import twitter
from my_config import *
auth = twitter.OAuth(ACCESS_TOKEN, ACCESS_TOKEN_SECRET, CONSUMER_KEY, CONSUMER_SECRET_KEY)
t = twitter.Twitter(auth=auth)
dm=t.direct_messages()
format_json = json.dumps(dm, indent=4, separators=(',', ': '), ensure_ascii=False)
print(format_json)

で取得できました！